Bộ máy tổ chức của Công ty Tài chính TNHH MTV Công nghiệp Tàu thủy bao gồm: Hội Đồng thành viên, Ban Lãnh đạo Công ty và các phòng ban như sau:
- Phòng Tài chính kế toán
- Phòng Tín dụng 1
- Phòng Tín dụng 2
- Phòng Tín dụng Hải Phòng
- Phòng Kế hoạch tổng hợp
- Phòng kiểm toán nội bộ
- Phòng Tổ chức nhân sự và Công nghệ
- Văn phòng